妊娠第五周相当于排卵受孕后第三周，受精卵在子宫着床处形成绒毛，吸取母体养份，从原始的一团细胞，胚胎逐渐演变出内、中、外三个胚层，于往后二个月内分别发育成各种不同的身体器官，这也就是所谓的「器官分化期」。
 外胚层细胞日后发育为神经系统、表皮、毛发等，中胚层为骨骼、肌肉、血管、泌尿系统、结缔组织等，内胚层则是消化道、肝脏、胰脏、甲状腺等器官。胚胎在器官分化期的阶段，如果遭受外来的一些因素影响，如：微生物感染、X光照射、服用药物等，就有可能会导致某种器官畸形发育，增加胎儿异常的机率。
 一般建议有性生活的生育年龄层妇女，只要是经期比平时稍有延迟，即应先行验孕。如果验孕呈阴性反应，不论有无给予催经药物，等待一、二周后月经仍然未见来潮者，应该再验孕一次，免得在不知情的状况下，服用非安全性药物或照射X光。平时经期紊乱者，则可藉由基础体温表得知是否有排卵的变化。此外，计划生育或已经怀孕的妇女，均应尽量远离有感冒症状、起疹子或长水痘的小孩子，避免遭受感染而影响胎儿健康。
 经常在优生保健门诊被提到的问题是：「怀孕初期误服药物到底要不要堕胎？」首先必须澄清一个重要的观念，虽然说是原则上尽量不要在器官分化期使用任何药物，却也不见得用了某种药物就一定会对胎儿有所伤害，尚需进一步分析药物的种类及剂量，如果是X光照射也要考量照射部位和照射剂量。更要强调的是，即使均无不良的外来因素影响，仍有2～3％的胎儿异常机率，其中能够证实与药物有直接关系的实在很少，因此，人工流产手术绝对不是唯一的选择。
 妊娠四至五周时，可能会并发胚胎着床时所造成的些许出血现象，如果平时的月经量就不太多，很容易被误以为是月经来潮，等到再过一、二个月才发觉怀孕了，这时候超音波检查可以帮忙推算出正确的受孕时间与预产期。
 以往的腹部超音波检查，即使病患憋尿胀膀胱，也很难在妊娠五周之内看到妊娠囊，近年来，阴道超音波广泛应用于临床诊断，它能够在妊娠满五周之前清楚分辨子宫内妊娠囊，六周就看到胎心搏动，对于早期鉴别诊断正常怀孕、子宫外孕或萎缩性胚胎帮助很大。