自从公元一九六三年首例报告，针对Rh血型不合所引起的胎儿贫血，于子宫内经由胎儿腹腔输血后，对于子宫内胎儿治疗的研究工作，陆陆续续已经提出一些成功的案例报告，但是同时也产生了诸多争议，如：施行对象的选择标准、医学伦理与法律规范等，兹将目前比较可行的治疗方式简介如下：
 一、经母体给予药物：针对胎儿心律不整而可能导致心脏衰竭的状况，经由母体胎盘的血流，即可间接投药治疗。
 二、直接穿刺脐带投药或输血：适用于经母体投药治疗失败者，亦可抽血检验特定病毒的抗体及染色体或基因的分析。
 三、穿刺抽吸或引流：为了避免器官积液过多产生的压迫现象继续恶化，及早加以穿刺方可得到缓解，如：肋膜腔积水、胎便性腹膜炎并发腹水、阻塞性水脑、下泌尿道阻塞合并膀胱及肾脏水肿等，若有必要可反复抽吸，或者以留置的导管持续将积液引流到羊膜腔里面。
 四、胎儿内视镜手术：以1至2公厘管径的内视镜伸入羊膜腔内，可用来阻断血流或切割胎儿病灶，具有较大的侵袭性。
 五、开腹手术：这是以剖腹生产方式取出胎儿，接受矫治手术后，再放回子宫里面继续成长，当然是具有极高的危险性。目前主要是用来治疗严重的先天性横膈膜疝气或肺部囊状腺体样畸形，如果很早就开始压迫到胸腔内肺脏的发育，即使出生后接受矫治手术，还是会因为肺脏发育不良而死亡。
 
 畸形儿是否就必须被牺牲掉？如果准妈妈腹中的胎儿被视为一个独立的生命个体，那么畸形的胎儿就应该算是一个病人，事实上，大多数器官异常都具有成功矫治的机会，倘若在他还没有脱离母体之前，异常持续恶化的结果势必将危及生命或造成日后重度伤残，这时候「子宫内胎儿治疗」可能就是唯一的选择了。